Le carote, mentre sono nel terreno, ospitano una comunità di microrganismi, alcuni dei quali combattono una sorta di battaglia per la supremazia contro altri che causano malattie delle piante e perdite agli agricoltori Ora, un team di scienziati dell'università e del Servizio di ricerca agricola (ARS) ha iniziato a identificare alcuni di questi microbi, che potrebbero essere utilizzati come difesa efficace contro malattie come la peronospora delle foglie di Alternaria. Fondamentale è il suolo che consente ai “bravi microbi” di colonizzare le carote proteggendole dagli attacchi nonché la genetica delle carote stesse che le predispone alla colonizzazione.
A minacciare l'approvvigionamento dalla fattoria alla tavola, tuttavia, è l'Alternaria dauci, il colpevole fungino della peronospora delle foglie di Alternaria, che si verifica nella maggior parte delle aree in cui vengono coltivate le carote. Se incontrollata, la malattia causa la decomposizione sia delle distinte foglie piumate della carota sopra il suolo che del fittone, sotto terra, diminuendone la resa, la qualità e la commerciabilità. L'uso di fungicidi, le rotazioni con colture non ospiti e le varietà resistenti sono tra le tattiche utilizzate per contrastare la peronospora delle foglie di Alternaria.
Tuttavia, il potenziale di batteri e funghi che colonizzano la pianta della carota - chiamata "endofite" - potrebbe anche avere anche ripercussioni positive. 
Sono state valutate 36 diverse varietà commerciali di carote e linee di produzione per le loro reazioni alla peronospora delle foglie di Alternaria in appezzamenti gestiti in modo convenzionale o biologico.
Nella parcella convenzionale, ad esempio, sono stati applicati erbicidi pre-emergenti dopo che le carote erano state piantate, mentre nella parcella organica, le erbacce venivano tolte a mano secondo necessità. E’ stata classificata la gravità della peronospora delle foglie di Alternaria nelle carote su una scala da 1 a 12.. Si è coltivato colture di endofite da nove varietà di carote con il punteggio più basso (più sane) e sono state identificate usando metodi di "impronta digitale" del DNA.
Tra le loro scoperte:
- più batteri (22 specie) che funghi (sei specie) sono stati isolati dalle varietà di carote. I batteri Stenotrophomonas, Xanthomonas, Pseudomonas, Paenibacillus e Methylobacterium erano tra i più diffusi.
- nei terreni con più materia organica, una maggiore diversità ed abbondanza di endofite, le piante coltivate avevano livelli di malattia inferiori rispetto agli appezzamenti convenzionali.
- il corredo genetico di alcune varietà di carote le ha rese più "endofite-amichevoli" di altre, specialmente nella trama organica.
Altre varietà ospitano molti endofiti indipendentemente da come sono stati coltivati.
Anche il modo esatto in cui gli endofiti proteggono le carote non si è ancora ben compreso. Alcune possibili spiegazioni includono l'esclusione dei funghi della peronospora delle foglie di Alternaria dallo spazio di scelta e dai nutrienti, la secrezione di antibiotici per tenerli a bada o aiutando a mobilitare la difesa stessa della pianta della carota, chiamata "resistenza sistemica indotta".
Elena Manzini
